22 Juni 1961 ani_id_flag.gif Permesta mendapat amnesti dan abolisi dari Presiden Soekarno melalui KEPUTUSAN PRESIDEN REPUBLIK INDONESIA NO. 322 TAHUN 1961 Tentang "Pemberian AMNESTI dan ABOLISI Kepada Para Pengikut Gerakan `Permesta` Dibawah Pimpinan Kawilarang, Saerang, dan Somba yang Memenuhi Panggilan Pemerintah Kembali Kepangkuan Ibu Pertiwi".
Amnesti dan abolisi ini diberikan kepada para pengikut gerakan "Permesta" dibawah pimpinan Alex Kawilarang, Laurens Saerang dan D.J. Somba yang telah memenuhi panggilan Pemerintah untuk kembali kepangkuan Ibu Pertiwi.
Dengan memberikan amnesti, maka semua akibat hukum pidana terhadap pengikut gerakan Permesta dibawah komando Alex Kawilarang dan Laurens Saerang dihapuskan.
Dengan memberikan abolisi, maka penuntutan terhadap pengikut gerakan Permesta dibawah komando Alex Kawilarang dan Laurens Saerang ditiadakan.
Pelaksanaan dari keputusan ini dilanjutkan oleh Menteri Keamanan Nasional sedangkan kelanjutannya (follow-up) menjadi tugas departemen yang bersangkutan dibawah koordinasi Menteri Keamanan Nasional.

Amesti ini dinyatakan kepada mereka "yang kembali ke pangkuan Ibu Pertiwi".
Amnesti dan abolisi ini tidak disetujui oleh PKI.
Alex E. Kawilarang, D.J. Somba, Wim Tenges, Lendy R. Tumbelaka, Laurens F. Saerang langsung direhabilitasi namanya oleh Presiden Soekarno, sedangkan yang lainnya diberi komentar "Revolusi belum selesai dan tuan² ini adalah penghalang roda revolusi," kata Soekarno kepada para bekas perwira Permesta yang lainnya dan kemudian ditahan tanpa melalui proses pengadilan. Mayor D.J. Somba sempat ditahan (karantina politik) selama 10 hari di Jakarta.
Pasukan Brigade Anoa (sebelumnya adalah Batalyon Q) pimpinan Mayor J. Lumingkewas yang bertahan di daerah Kotambunan - Bolmong, terperangkap diantara gerombolan pasukan Brigade 999 ("CTN/Garda Nasional" RPI) dan kepungan pasukan TNI, setelah menerima berita perdamaian tersebut, kemudian diangkut truk lalu naik kapal laut menuju Bitung. Selanjutnya pasukan ini dikirim ke Jawa Timur untuk kemudian dilatih di sana dan berangkat ke Irian barat menghadapai Belanda dalam rangka Operasi Trikora. Sebagian besar pasukan yang adalah gabungan ex. KNIL-TNI ini gugur di sana.
Bekas tentara Permesta yang dilatih di Minahasa selama beberapa minggu kemudian dikirim ke Kamp Rehabilitasi/Latihan di daerah Jawa Timur dalam beberapa tahap untuk persiapan dikirim untuk Operasi Pembebasan Irian Barat, Operasi Dwikora, dll.
Antara lain mereka naik kapal angkut pasukan ADRI "Aronda" dan tiba di Tanjung Perak Surabaya tanggal 1 September 1961, kemudian ditampung di Kamp Konsentrasi Dinoyo. Mereka di sana selama masa rehabilitasi diperlakukan dengan baik. Mereka menerima sabun mandi, rokok dan sedikit uang saku. Meskipun demikian, satuan² Permesta yang dikirim pada pemberangkatan² awal mengakui dalam surat yang dikirimkan kepada keluarga dan teman mereka bahwa mereka tidak diperlakukan dengan baik, senjatanya langsung disita di tempat latihan/rehabilitasi tersebut, sehingga timbul beberapa insiden di Bitung yang menolak untuk dikirim ke sana, dll.
Setelah selesai masa rehabilitasi kami diberikan 3 pilihan yaitu kembali ke bangku sekolah, kembali ke masyarakat dan masuk TNI. Setelah dites ternyata hanya sedikit yang tembus. Sedangkan sebagian besar kembali ke masyarakat.
Sebagian bekas pasukan Permesta (eks-Meta) diterima menjadi tentara APRI atau kembali ke kesatuannya.
Beberapa perwira Permesta, seperti D.J. Somba dan Lendy R. Tumbelaka ditarik ke Bakin (Badan Koodinasi Intelejen Negara), juga beberapa diantaranya yang mendapat tugas di MBAD (Mabes TNI-AD).
Para pemuda Permesta lainnya menempuh Sekolah Lanjutan Peralihan di Manado yang disediakan Pemerintah Pusat, setelah Penyelesaian Permesta (Kelak mereka mendirikan sebuah organisasi yang dianggap sebagai forum pembinaan dengan nama Ikaselanpe/Ikatan Alumni Sekolah Lanjutan Menengah Peralihan di Jakarta).
10 Juli 1961 Setelah sebelumnya pada bulan yang sama, Nun Pantouw serta adik perempuan Ventje Sumual, Evert (salah satu pimpinan PWP) ditangkap oleh pasukan Permesta yang sudah kembali ke TNI (disergap dalam sebuah acara di daerah Tombatu), Broer Tumbelaka datang bertemu dengan keduanya hari ini dan menyerahkan mereka kepada Kolonel Soenandar Priosoedarmo atas permintaan kedua orang itu sendiri.
29 Juli 1961 Suatu upacara di Manado diadakan hari ini untuk menyambut dan menegaskan amnesti dan abolisi terhadap Permesta serta penghapusan tuduhan² resmi yang mungkin akan diadakan terhadap pasukan Permesta.
Sebagai hasil penyelesaian dengan Alex E. Kawilarang dan D.J. Somba, diperkirakan 27.055 orang, 25.176 diantaranya anggota militer, 8.000 diantaranya bersenjata, mengakhiri pemberontakan mereka. Dari jumlah ini, diperkirakan 5.000 orang adalah bekas anggota TNI.
(Daftar ini tertanggal 6 April 1961 yang ditandatangani oleh Lendy R. Tumbelaka, sebagai kepala tim penengah KDM-SUT; hampir separuh mereka yang dimasukkan, yakni 13.673 orang, berada di Distrik III [WK-III]; terdapat 3.000-4.000 orang di ketiga Distrik/WK lain. Terdapat sekitar 3.000 senjata yang terdaftar di WK-II dan WK-III. Pada bulan Februari 1961, Yus Somba memperkirakan kekuatan total Permesta sekitar 43.000 orang, 5.000 diantaranya dari KDM-SUT [mungkin bekas TNI dari satuan manapun], dan 9.000 bekas anggota KNIL [1.000 diantaranya sudah pensiun]. Jumlah Pasukan Wanita Permesta yang menyerahkan diri saat itu antara 1.413 [angka dari Annie Kalangie], dan 1.502 dalam daftar 6 April 1961 ini).
Setelah masa screening, 8.000 orang dikirim ke Jawa Timur untuk karantina politik dan reindoktrinasi sebelum diterima (atau diterima kembali) ke dalam TNI. Sejumlah 11.000 orang, militer maupun sipil, telah menyerah bersama² dengan Brigade Manguni dan Laurens Saerang, dan sejumlah satuan Permesta lainnya telah menyerah kepada pasukan TNI setempat.
Tinggal kelompok di Minahasa Selatan, Ventje Sumual, Nun Pantouw, dan kedua batalyon dari Brigade 999 (Bn. Goan dan Bn. Lisangan): diperkirakan sejumlah 1.500 orang, 900 diantaranya bersenjata.
17 Agustus 1961
Panpres No.449/Th.1961 Tentang Amnesti dan Abolisi secara luas, selain kepada PRRI dan Permesta, juga kepada pemberontak DI/TII Daud Beureuh, Republik Maluku Selatan (RMS), DI/TII Kahar Mudzakkhar, dll, dengan syarat harus melapor selambat²nya tanggal 5 Oktober 1961 sudah harus melapor diri.
Bekas KSAU AUREV Petit Muharto Kartodirdjo pergi ke Kuala Lumpur untuk kemudian menghadiri penandatanganan pernyataan untuk kembali ke pangkuan RI.
Setelah penandatanganan itu, dia menerima sebuah perintah dari Alex Kawilarang untuk menyusun kepulangan keluarga² Permesta yang tetap berada di luar negeri. Sesudah konflik berakhir, Petit tetap tinggal di Singapura bersama keluarganya, baru pada tahun 1967 dia kembali ke Indonesia untuk jangka waktu yang pendek, untuk mengunjungi relasinya. Petit baru pulang kembali ke Indonesia tahun 1969.
Hari ini, Presiden Republik Persatuan Indonesia Sjafruddin Prawiranegara mengumumkan berakhirnya permusuhan, dan memerintahkan diakhirinya segala tentangan terhadap pemerintah RI dan TNI-nya.